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权证的结算方式有两种：现金结算和实物结算。我国证券市场流通权证的结算方式以实物结算为主，只有南航jtp1(权证代码580989)采用现金结算方式。
现金结算权证行权时不涉及标的证券的交收，发行人向行权人支付行权价格与标的证券结算价格及行权费用之差价。标的证券结算价格为行权日前十个交易日标的证券每日收盘价的平均数。根据《上海证券交易所权证管理暂行办法》第三十九条的规定：“采用现金结算方式行权且权证在行权期满为价内权证的，发行人在权证期满的三个工作日内向未行权的持有人自动支付现金差价”，即价内权证将会自动行权，而现金结算方式的价外权证不会行权，因此从根本上避免了价外权证的误行权现象。
实物结算权证行权时会发生标的证券的交收。认购权证行权时要求行权人账户中有足够的现金，行权成功后，现金和权证从账户中扣减，同时投资者获得相应数量的标的股票，行权获得的股票在下一交易日可以交易；认沽权证的行权时，要求行权人账户中有相应数量的标的股票，行权成功后，标的股票和权证从账户中扣减，投资者收到依行权价和行权数量计算得到的现金。实物结算权证要求投资者申报行权,因此对于价内权证要主动申报行权，对于价外权证不要误行权。
下面以马钢cwb1为例解释实物结算权证的行权过程。马钢cwb1为股本权证，采用实物结算方式，最新行权价3.33元/股，行权比例1：1。如果对1000份马钢cwb1行权，投资者账户中至少要有3330元(1000*3.33)的现金，否则行权失败，行权指令作废。行权成功后，权证和现金会从账户中扣减，投资者将于行权次日得到1000股标的股票。马钢cwb1第一次行权期为2007年11月15日至11月28日，如果投资者选择行权，一定要保证账户中有足额现金以备行权。
相对于之前到期的实物结算权证，马钢cwb1有两个行权期，本次行权期过后未行权的权证，在一年后还有一次行权的机会，而不是马上被注销，因此持有权证的投资者还有部分选择余地，来决定本次是否行权。
