随着盟军在第二次世界大战中的胜利，不仅仅德国，而柏林也按照战前柏林的行政区界线被分成两个部分——由苏联控制的东柏林（范围包括战前23区中的12个区），以及由美国、英国、与法国控制的西柏林。柏林变成了苏美冷战的聚集点。
1948年为了反对盟国在德国西部实行的货币改革，以及迫使盟军退出柏林，苏联对柏林展开了长达半年的封锁。盟国通过柏林空运挫败了苏联的企图。
1953年6月17日，东柏林工人展开了抗议生活水平下降而举行起义，起义不久即被苏联军队镇压下去。1958年11月10日，赫鲁晓夫宣称四大国对柏林的占领已经过时，要求美英法从西柏林撤军，并称6个月之内西柏林应当成为苏军可以自由进出的“自由城市”。
由于大量东德居民通过不设防的柏林分界线涌入西柏林和西德， 1961年8月13日，东德建起了柏林墙。10月25日，美国坦克开到弗里德里希大街南部的查理检查哨，试图进入东柏林，与90米开外的苏军坦克对峙了16个小时。此后柏林成为东西方意识形态交锋的最前沿。
由于存在种种历史问题和制度上的缺陷，1989年，东欧国家民众掀起了对社会主义和共产党政权的总抗议。1989年11月9日深夜，东德被迫宣布开放柏林墙。1990年10月3日，德国重新统一，柏林举行了盛大的庆祝活动。柏林墙被拆除。
1991年，德国议会投票决定在2000年之前将首都从波恩迁回柏林。此后柏林展开了大规模的重建工作。在国会大厦北面修建了新的国会和总理府。以前是柏林墙脚下布满地雷的警戒地带的波茨坦广场重新成为柏林的商业中心。德国已经恢复了其在欧洲的文化和经济中心地位。
