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ImageJ (
http://imagej.nih.gov/ij/)是美国National Institutes of Health (NIH)开发的基于Java的免费公共图像处理软件，在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

ImageJ可在一个窗口中显示多个空间或时间相关的图像，这些图像集称为图像栈（Stack），组成Stack的图像称为Slice。Stack图像是SCI论文中常用的图像类型：

反之，Montage图也可以转换成Stack图。方法为：

Image -> Stacks -> Tools -> Montage to Stack。

3

Stack图像Orthogonal Views（正交视图）

正交视图除显示Stack图像的XY视图外，还可显示XZ、YZ投影图像。XZ、YZ投影图像显示在原始图像的旁边：

File -> Save as Gif可以创建3D效果的动图，SCI论文中可以用这种方法来显示三维动态效果：

5 Stack图像绘制Z轴剖面图

Z轴剖面图可以获得选择ROI（感兴趣区）的平均灰度值，方法为：

Image -> Stacks -> Plot Z-axis Profile…

使用矩形、椭圆、不规则或自由形状工具在confocal-series.tif中绘制ROI：

点击Plot Z-axis Profile 获得结果Live即可得到实时ROI对应的Z轴剖面图：

应用实例：

分析时间序列图像。下图是Elife（IF=7.616）中记录时间依赖的钙成像，横坐标是时间纵坐标是钙信号，反映的是不同时间点钙信号的动态变化：

步骤：

1、 ImageJ打开时间序列Stack图像，Z轴为时间：

2、 添加感兴趣的ROI，Image -> Stacks -> Plot Z-axis Profile…即可得到ROI荧光强度随时间的变化：

点击List得到ROI荧光强度随时间的变化的数值，保存数据可进行重新绘图：

今天给大家分享了ImageJ分析Stack图像的基本操作及其实际应用，希望对大家有所帮助！

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