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“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

/ 利刃君

ID / ziyuanliren666

全文共3928字,推荐阅读时间10分钟。


Autodock是一款开源的分子模拟软件,最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护,官方网址是http://autodock.scripps.edu/,目前最新的版本是AutoDock 4.2.6,包括AutoDock和AutoGrid两个模块,AutoDock软件包下载地址为http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/,包括Linux、Mac OS和Windows版本以及源代码。

AutoDockTools是AutoDock对接的可视化程序,最新版本为MGLTools1.5.6,下载地址为http://mgltools.scripps.edu/downloads。

这里利刃君为大家带来Windows的软件安装程序,可由文末获取。其他版本大家可以复制上面的链接进行下载。

半柔性对接教程

本次教程以蛋白6PL1的晶体结构作为分子对接的受体,晶体结构由蛋白数据库PDB网站下载,以其原配体OOJ为分子对接的配体,进行半柔性对接(对接受体蛋白设为刚性,对接配体小分子设为柔性)。

①可以使用pymol,VMD,Schrodinger,DS等软件,将蛋白晶体结构中的配体抽离出来,保存为Lig.mol2文件用于分子对接;

②可以使用pymol,VMD,Schrodinger,DS等软件将晶体结构6PL1中的水分子和原配体删除,保存为protein.pdb文件作为分子对接的受体。

下图中为处理好的蛋白晶体结构与配体结构。

“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

-壹-

设置工作目录及工作环境

首先我们需要新建一个文件夹,设置该文件夹为我们的工作目录,此后所有分子对接产生的文件均默认保存在该文件夹中,方便我们进行查看。

注:该文件夹所有路径均要求为英文,不能出现中文和特殊字符。

利刃君这里在E盘新建文件夹“6PL1”,随后将下载好的“autogrid4,autodock4”程序以及“6pl1.pdb,Lig.mol2”两个文件拷贝到此文件夹下。

“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程

运行AutoDock Tool程序,选择File

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