陈凤桐回到北京后，本着“有一分热，发一分光”的革命精神，不愿闲着‘等死’，经与北京市委和市政府领导联系，接受北京农业劳动大学顾问名义，积极参加农业教育改革工作。
　　不久，“文化大革命”开始，他与其他许多老同志一样，经历了严峻考验。１９７０年，北京农业劳动大学撤销，陈凤桐被安排住到海淀区成府街道，成为一名普通居民。此时，他尽管年事已高，但从不气馁，表现出高洁品质，积极参加街道的社会活动，慷慨资助居民和公益事业；满腔热情地辅导居民学文化、学政治，受到街道居民的尊敬和称赞。
　　１９７６年，党中央粉碎了“四人帮”反革命集团。紧接着党的十一届三中全会拨乱反正，陈凤桐二十多年的冤案得到彻底平反，回到中国农业科学院担任顾问，并恢复中国科学院学部委员职务。他义无反顾地与同志们商讨农业科研发展设想，继续为我国农业科技事业发展贡献自己的力量。
　　１９７７年７月１６日，陈凤桐本着“我们搞过农业科学的人，有责任汇报工作和提出改进意见”的精神，及时向党中央提出对我国农业科学工作的十一项具体建议；１２月２５日，他再次上报《关于中国农林科学院专业研究所体制的建议》。在此前后，他还给中国农业科学院土壤肥料研究所高惠民、李文玉，著名土壤学家侯光炯等同志写信，探讨什么是土壤肥力，包括哪些理化性状，土壤肥力的标准是什么，以及“如何创造出高产的肥力”等问题。他在信中还提醒专家们注意：“许多资料是从产量上找肥力，如能反其道而行之，从肥力上要求产量，不更快吗？”他还强调，“科学工作应该走在生产的前面。”
　　１９７８年３月，陈凤桐以中国科学院学部委员身份应邀参加了全国科学大会。他在会上书面发言提出《对我国农业科学工作的十项建议》，内容包括：（１）当前农业科学的重大任务——将科研成果应用于生产、总结群众经验、引进外国新技术；（２）农业科学应首先为全国重点建设县服务；（３）农艺如何和机械化结合；（４）土壤肥力标准问题；（５）关于农业经济的研究工作；（６）农林牧三结合；（７）农业科学的协作问题；（８）关于培养人才问题；（９）建立农业科学学术报告会；（１０）加强农业科技的宣传推广。他还号召：“我们农业科学工作者，必须站到生产第一线上来，有计划，有重点，争时间，通力合作，完成科研任务。”陈凤桐这十项建议，反映了他一贯的科学研究思想，对我国农业科技工作有着重要指导意义。
　　陈凤桐在病危期间，仍一次又一次地向前往探望他的同志们询问中国农业科学院和全国农业科技事业的发展情况，并提出自己的看法，直至他生命的最后一息。１９８０年１０月４日，陈凤桐因患癌症，医治无效，在北京逝世。他为共产主义事业奋斗到终生，为发展我国农业科技事业，鞠躬尽瘁，死而后已！