2004年度审计风暴也席卷了高校。审计结果显示，高校违规收费集中于“回报率高”的项目，MBA班和进修班成为高校违规收费集中地带。
国家审计署发现，2003年，18所中央部属高校未经批准收费、超标准超范围收费等共计8.68亿元，比上一年增长32%，占当年全部收费的14.5%。未经批准的进修费、MBA学费成为18家高校“小金库”的主要来源，共6.44亿元。其余违规和不规范收费还包括：自行设立的辅修费和旁听费，超标准、超范围收费的学费和住宿费，强制收取的服务性、代办性收费、重修费、专升本学费和一些国家明令禁止的费用。
审计署审计长李金华指出，从审计情况分析，部分高校在招生入学这一环节中违规和不规范收费的现象尤为严重。
对此，教育部新闻发言人王旭明告诉《第一财经日报》记者，教育部正在认真研究此事。
记者了解到，从2004年5月起，审计署对教育进行了专项审计，包括北大、清华、人大、北师大和大连理工在内的19所高校的财务收支、教育收费等情况成为审计重点。而此次公审的审查问题只涉及了18家。审计署副审计长刘家义表示，对于高校的审计调查，侧重审查高校财务管理状况、收费情况、投资情况，并注重揭露重大违法违规问题以及体制不顺、制度不完善的问题。
审计署对高校的关注始于1998年，1999年，审计长李金华在年度审计工作报告中指出，当年被审计的中央所属62所高校，查出收入反映不实、乱收费、违规从事金融业务和挤占挪用专项资金49亿元，发现8起涉嫌经济犯罪案件。
审计署2003年度审计报告则对“大学城”违规审批、非法占地和贷款比重过高和基础的问题和全国50个县的基础教育严重负债和挪用等两个问题进行了审计。迄今为止，两个项目都进行了整改并得到了审计署的肯定。
